物流市场的无序化还表现在缺乏全国统一、与国际接轨的物流行业标准，物流企业各行其是，物流运作标准不一、物流工具规格不一，物流条码不统一，诸多物流标准的缺失增加了物流协同运作的难度，降低了物流效率。比如，物流企业的托盘通常是1米宽，而海运集装箱的内径是2.43米，为避免空间浪费，须花大量时间把集装箱的缝隙填满，给多式联运和直接转运等现代物流模式的实现增加了难度。我国流通中的货物通常只有商品条码而没有全国统一的物流专用条码，物流信息的采集、管理困难，个别企业建立了企业系统的内部物流条码，但各企业条码不互相兼容。
物流市场的无序化和现代物流规范化、标准化运作的发展要求直接冲突，要解决这一矛盾，仅靠物流企业自身的努力是远远不够的，还需要行业协会和政府的推动和调控。首先，需要尽快建立健全相应的政策法规体系，建立行业竞争规范，实施行业自律，使物流业务运作有规可循；此外，还应提高市场准入要求，出台优惠政策积极培育具有国际竞争力的物流公司。从物流业的发展趋势看，那些既拥有大量物流设施、健全网络，又具有强大全程物流设计能力的综合型公司发展空间最大，也只有这些企业能把信息技术和实施能力融为一体，提供“一站到位”的整体物流解决方案。因此，国家应积极培育大型第三方物流企业和企业集团，使之成为我国现代物流产业发展的示范者和中小物流企业资源的整合者，尽快建立以第三方物流企业为主导的社会化、专业化的物流服务体系。
四、行业快速发展与国企改革相对滞后的矛盾
我国第三方物流快速发展与国有企业改革相对滞后的矛盾主要体现在两个方面：一是国内物流需求企业尤其是国有企业由于物流观念相对落后或者企业内部的原因自营物流，导致第三方物流需求没有得到充分释放；二是脱身于国有企业的第三方物流企业在人力资源管理、决策机制等企业管理制度上还保留着较多原有体制的烙印，在一定程度上局限了第三方物流企业的快速壮大与发展。
第三方物流是社会分工发展的必然趋势，以其专业化、系统化、高效率的服务能力已成为社会物流发展的主流模式。但根据《2007年中国物流年鉴》我国2006年物流总费用为3.8万亿，而第三方物流总费用仅为0.23万亿，比重不到10%，我国第三方物流的需求没有得到充分释放。长期以来，国内一些企业，尤其是个别传统的国有企业长期以来走的是“大而全”、“小而全”的路子，拥有自己的仓库、车队、甚至远洋船队，造成物流过程的大量浪费，具体表现为仓库的闲置，物流业经营分散，组织化程度低，物流效率十分低下。而这些企业自营物流的主要原因有以下三个方面：一是由于企业对库存、销量、配送的物流信息过分谨慎，对信息共享的过分担心常常导致对物流外包的排斥。第二个原因是，即使能够意识到物流外包对物流成本降低和效率提升的优点，原有物流环节从业人员的安置问题也阻碍了这些企业物流外包的积极性。此外，我国一些制造型企业，认为物流是“第三利润源泉”，在自身不具备物流优势的情况下，为了挖掘这个第三利润，反而纷纷设立物流部门，造成大量浪费。以上这种状况影响了第三方物流行业的发展，也影响了社会的总效益优化。
从物流企业内部管理体制上看，长期以来，国有企业改革遗留下不少问题，如政策性亏损、债务负担大、在职人员偏多、离退休人员不断增加等，从国有企业改制过来的第三方物流企业，也遇到类似问题，成为了新兴的第三方物流公司的“老包袱”。
针对国企改革相对滞后尤其是物流观念相对落后的问题，一方面，要需要积极引导工商企业在强化自身物流管理的基础上，确立物流职能，剥离低效的物流部门及设施，逐步实现企业物流活动的社会化，为现代物流产业发展培育广泛而又坚实的市场需求基础；另一方面，积极推动剥离物流资产与第三方物流企业的重组和整合，增强第三方物流企业的供给和服务能力。
五、现代物流协同化与行政分割的矛盾
物流业是一种跨部门、跨行业的服务行业，不但涉及公路、铁路、航空、水路甚至管道运输等多种方式，还涉及多个业务种类。物流涉及的行业主管部门不但有交通部、铁道部，还有民航总局、邮政局、海关等，这些部门各有各的规划，缺乏统一的大物流构想，导致物流企业在整合各项资源时难度很大。
2005年，为解决行政分割与现代物流要求协同运作的矛盾，发改委、商务部、铁道部、交通部、信息产业部、民航总局、中国物流与采购联合会等15个部委和协会共同组成全国现代物流工作部际联席会议，为各大物流部门之间的沟通建立了高端协调机制。但全国现代物流工作部际联席会议制度并不是一个常设机构，只是在协调各部委关系和督促落实各部委相关文件方面起到作用，并没有从实质上改变部门分割、各管一摊的情况。因此，在克服行政分割问题上还需要更有实质性的推动举措，真正推动“大物流、大交通”物流体系的实现。
此外，地方保护主义也在一定程度上阻碍了物流一体化、协同化的进程。例如，虽然国家税务总局已经发出的《关于物流企业缴纳企业所得税问题的通知》（国税函[2006]270号文）中明确规定符合条件的物流企业分支机构可以统一缴纳所得税，许多地方政府出于地方利益考虑，要求物流连锁经营单位在当地重新登记注册，不允许注册非独立核算的分支机构，严重制约了全国性物流企业的集团化与规模化进程。因此，迫切希望，各级政府部门能够在加强物流行业的统一领导，改善企业经营环境方面做出实质性的动作。
