两者之间的联系在于，医药物流的一部分属于冷链物流，两者有交集，但无从属关系，属于两种不同的物流细分区域。二者定义如下：医药物流是指：依托一定的物流设备、技术和物流管理信息系统，有效整合营销渠道上下游资源，通过优化药品供销配运环节中的验收、存储、分拣、配送等作业过程，提高订单处理能力，降低货物分拣差错，缩短库存及配送时间，减少物流成本，提高服务水平和资金使用效益，实现的自动化、信息化和效益化。冷链物流(Cold Chain Logistics) 泛指冷藏冷冻类食品在生产、贮藏运输、销售，到消费前的各个环节中始终处于规定的低温环境下，以保证食品质量，减少食品损耗的一项系统工程。它是随着科学技术的进步、制冷技术的发展而建立起来的，是以冷冻工艺学为基础、以制冷技术为手段的低温物流过程。 中国农产品冷链物流业的快速发展，国家必须尽早制定和实施科学、有效的宏观政策。冷链物流的要求比较高，相应的管理和资金方面的投入也比普通的常温物流要大。从定义中可以看到，医药物流特指的是药品物流环节，而冷链物流的设计行业更广，任何行业涉及到低温运输环节都可以纳入冷链物流范畴。医药物流的某一部分特殊药品，如疫苗类需要低温运输的属于冷链物流的一个品类。