一是明确物流外包业务营业税的差额纳税方法。针对我国物流外包业务快速增长与对零散社会物流资源加大整合力度的需求现状，课题组建议在重新核定营业税计征基数的基础上，明确物流外包业务营业税的差额纳税界定方法与计算方法，将物流企业在经营过程中采用外包的方法，采用垫付款形式支付的运输、仓储、包装、分拣、加工等业务过程的成本作为抵扣部分看待。

　　在营业税执行差额纳税的同时，将附加在营业税的城市建设、教育等附加税也同样按差额纳税，以维护税收的公平性和合理性。

　　二是适当降低部分物流服务的营业税税率与土地使用税税率。建议有关税务部门考虑适当降低物流业务中仓储、分拨等业务的营业税税率。将此部分业务作为特殊服务业看待，对物流业务各环节实行从低统一税率，参照现行物流运输业税率3%征收，以利公平税负。

　　对物流流通加工、物流信息系统开发经营等具有增值特点的服务，建议税务部门积极开展研究，提出合理的利于物流业持续、稳定发展的税目及税率。

　　对自有物流基础设施的物流企业，降低现代物流企业土地使用税税率。

　　三是在全国范围内实行物流企业统一缴纳企业所得税政策。现代物流业网络化经营的特点，是特别强调横向联系、系统运作的产业。而各地各级政府出于本地利益的考虑，往往要利用财税政策上的差别来保护本地企业、封锁市场。突出的现象是各地利用有差别的税收待遇来保护本地物流企业、排挤区外物流企业。另一种更为不公的现象是采取乱收费手段排挤区外企业的临时性和经常性经营活动。对此，建议在国家税务总局2006年3月18日下发的国税函[2006]270号《国家税务总局关于物流企业缴纳企业所得税问题的通知》的基础上，将原来限定在省、自治区、直辖市范围内设立的跨区域分支机构的物流企业统一缴纳所得税拓展到全国行政区域范围内(根据税收管理体系的差别，可以暂将港澳地区及台湾地区除外)，凡符合总部领导下统一经营、统一核算，并与总部微机联网、实行统一规范管理的企业，由总部统一缴纳企业所得税。

　　对大型全国性物流服务企业，建议参照《国家税务总局关于中国外运集团缴纳企业所得税问题的通知》(国税函[2001]851号)的精神，按照国家税务总局《关于汇总(合并)纳税企业实行统一计算、分级管理、就地预交、集中清算所得税问题的通知》(国税发[2001]13号)的规定实行汇总缴纳企业所得税。

　　四是利用规模物流企业管理体系，解决小规模运输户税收监管困难与偷漏税问题。建议在健全与完善我国针对小规模运输户的监控管理体系前，采用适当的措施，利用现有的规模化现代物流企业的规范管理条件，将对小规模运输户的部分税收监管的工作交由这些规模化企业完成，在这些规模化企业完成物流服务监控的同时，完成物流税收的监控与代缴责任。

　　五是放宽物流企业自开票纳税人资格认定中关于自备车辆的规定。建议放宽自开票纳税人认定中自备运输工具的限制，对自备运输工具不足，但是具有一定规模的现代物流企业，容许作为自开票纳税人开具的运输发票，同时允许客户进行增值税进项税额抵扣，鼓励整合利用社会资源；对自开票纳税人的开票额度取消按自备车辆核定的方法，而按实际营业收入开具发票；在实施的过程中，针对部分运输型物流企业在企业总公司注册地拥有较大规模自备车辆的现状，作为过渡措施，建议允许利用外地自备车辆申报本地自开票纳税人资质，以解决具有较大规模运输型物流企业的全国性经营的问题。

　　六是妥善解决物流企业兼并与整合中出现的税收问题。建议按照国有企业改革的基本思路，对物流企业的自有土地资源在兼并与重组时的土地出让金，根据实际情况予以减免。

　　通过土地资源的有效利用，还可能在短期内由于资源的评估产生较大的一次性账面大量所得，如直接征收土地增值税与所得税，将进一步打击企业兼并与整合的积极性。建议对此类问题采用先征后返的方式予以支持。

　　七是设计符合我国物流经营特点的物流业专用发票。物流业税制由营业税向消费型增值税发展是现代物流税制改革的基本趋势，但是还需要相当长的时间。在现阶段仍采用营业税税制的基本框架内，研究与涉及符合我国物流业务特点的物流专用发票是一个较好的阶段性措施。建议整合与物流业务相关的各类现有发票，推出统一的物流服务业专用发票，以适应一体化物流运作需要。同时也可方便企业的操作和税务部门的征收管理。

　　八是取消与税收重复的行政性收费。

　　九是进一步扩大物流企业税收试点工作。

　　2004年，经国务院批准，国家发改委等九部门联合印发了《关于促进我国现代物流业发展的意见》。根据文件要求，2005年12月，国家税务总局发布《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》(国税发[2005]208号)；2007年2月6日发布《国家税务总局关于下发试点物流企业名单(第二批)的通知》(国税函[2007]146号)，先后对国家发改委和国家税务总局联合确认的197家物流企业开展了营业税差额纳税试点工作。

　　课题组通过调查认为，试点工作开展以来，取得了阶段性成果。首先是直接减轻了试点企业由于营业税重复纳税造成的税务负担；其次是支持了试点企业经营发展；第三是增加了税收总额；第四是体现了政府对物流业发展的政策支持。但有些问题还需要进一步明确，业内迫切要求继续扩大试点范围。

　　据悉，新一批物流企业税收试点单位已经由中国物流与采购联合会上报国家发改委，发改委已经组织了专家评审，目前进入国家税务总局最后核准阶段。